Comptabilité pour médecins au Québec

Par l'équipe JeanKali Santé Comptabilité · Mis à jour le 27 octobre 2026 · Lecture : 12 min

Le guide 2026, et un comptable pour médecin qui s'occupe de tout

Ce que fait un comptable pour médecin au Québec

Un médecin n'a pas la comptabilité d'une PME ordinaire. Ses revenus viennent surtout d'un payeur public, la RAMQ, selon des ententes négociées par sa fédération; il paie souvent des frais de cabinet à une clinique; il peut exercer seul, en groupe ou au sein d'une société professionnelle encadrée par un règlement du Collège. Concrètement, nous prenons en charge :

• la tenue de livres : revenus RAMQ et hors RAMQ, frais de cabinet, dépenses de pratique, à la fréquence qui vous convient;
• le rapprochement des états de compte de la RAMQ avec les dépôts reçus, pour que vos revenus soient complets et exacts;
• vos déclarations personnelles T1 (fédéral) et TP-1 (Québec), et, si vous êtes incorporé, les états financiers et les déclarations T2 et CO-17 de la société;
• la paie de l'actionnaire et du personnel, les feuillets T4 et RL-1, ou T5 et RL-3 pour les dividendes;
• le plan de rémunération annuel et l'estimation de l'impôt à mettre de côté, pour éviter les surprises d'avril;
• la coordination de votre incorporation, si elle vous avantage : un notaire ou un avocat partenaire prépare les documents juridiques, et nous nous occupons du reste du dossier.

Comment la RAMQ vous paie, et ce que ça change pour votre comptabilité

Les tarifs et les modes de rémunération des médecins sont fixés par les ententes entre le gouvernement et les fédérations : la FMOQ pour les médecins de famille (omnipraticiens) et la FMSQ pour les médecins spécialistes. La RAMQ applique ces ententes et verse les paiements, accompagnés d'un état de compte. Selon votre pratique, votre rémunération peut combiner des actes, des forfaits, du tarif horaire ou des primes.

Le cadre évolue. En août 2026, la FMOQ et le gouvernement du Québec ont conclu une entente sur un nouveau mode de rémunération en première ligne. Selon la FMOQ, l'entente n'est pas encore opérationnelle : il reste à fixer les montants et la RAMQ doit adapter ses systèmes. Pour votre comptabilité, l'essentiel ne change pas : chaque paiement doit être rattaché à l'état de compte correspondant, et l'écart entre ce qui a été facturé, ce qui a été payé et ce qui a été refusé doit être suivi.

Si vous êtes incorporé, la RAMQ verse vos honoraires à la société par un compte administratif collectif, ouvert avec le formulaire 4552; la RAMQ indique un délai de traitement de 4 à 6 semaines (ramq.gouv.qc.ca). Les revenus qui ne viennent pas de la RAMQ (expertises, rapports, enseignement, services non assurés, travail pour un organisme) se suivent à part, car leur traitement fiscal et leurs taxes peuvent différer. Les frais d'une agence de facturation, s'il y a lieu, sont une dépense de pratique.

Travailleur autonome ou société : deux comptabilités différentes

Un médecin qui n'est pas incorporé déclare ses revenus de pratique comme travailleur autonome dans sa déclaration personnelle. Il n'y a pas de retenues à la source sur les honoraires : vous payez vous-même l'impôt, les deux parts des cotisations au RRQ et, à partir d'un certain montant d'impôt, des acomptes provisionnels.

Un médecin incorporé exerce par une société par actions conforme au Règlement sur l'exercice de la profession médicale en société : les droits de vote sont détenus par des médecins, les administrateurs sont médecins, et le Collège doit autoriser l'exercice en société (500 $ par médecin, environ 14 jours ouvrables, selon le Collège des médecins). La société a sa propre comptabilité, son compte bancaire, ses déclarations T2 et CO-17, et vous verse un salaire ou des dividendes. Ces documents juridiques (statuts, résolutions, registre) sont préparés par un notaire ou un avocat; notre rôle est de vous conseiller, de faire les calculs et de coordonner le dossier.

L'incorporation devient généralement intéressante quand votre revenu dépasse nettement vos besoins personnels de façon durable, parce que l'avantage principal est le report d'impôt sur ce que vous laissez dans la société. Nos pages Incorporation et Incorporation d'un médecin au Québec détaillent les règles, les étapes et les frais.

Les taux d'impôt des sociétés en 2026

Au fédéral, le taux net est de 9 % sur le revenu admissible à la déduction pour petite entreprise (DPE) et de 15 % sur le revenu d'entreprise général (ARC). Au Québec, le taux général est de 11,5 %; la DPE du Québec le ramène à 3,2 %, puis à 2,2 % pour les années d'imposition qui commencent après le 29 avril 2026 (Revenu Québec).

Deux points propres aux médecins. D'abord, la DPE du Québec exige au moins 5 500 heures rémunérées dans l'année; elle diminue entre 5 500 et 5 000 heures et disparaît en dessous. Un médecin seul dans sa société, sans employés, n'y a souvent pas droit au Québec, tout en conservant la DPE fédérale. Ensuite, le plafond de 500 000 $ diminue quand la société et ses sociétés associées gagnent plus de 50 000 $ de revenu de placement passif, et il disparaît à 150 000 $ (ARC). Placer ses surplus dans la société se planifie donc dès le départ.

Salaire ou dividendes : comment se payer

Le salaire est déductible pour la société, crée des droits de cotisation REER (18 % du revenu gagné, jusqu'à 33 810 $ pour 2026, selon l'ARC) et donne lieu à des cotisations au RRQ, ce qui augmente votre rente de retraite. Il entraîne aussi une paie, des retenues à la source et des feuillets T4 et RL-1.

Le dividende n'est pas déductible pour la société et ne crée ni droits REER ni cotisations au RRQ, mais il est imposé à un taux personnel plus bas grâce au crédit d'impôt pour dividendes, et il simplifie l'administration (feuillets T5 et RL-3). Les dividendes versés à des membres de la famille sont fortement limités par les règles sur l'impôt sur le revenu fractionné, en vigueur depuis 2018 (ARC).

La plupart des médecins incorporés combinent les deux. Le bon mélange dépend de vos besoins, de vos projets (maison, retraite, congé parental), de votre droit à la DPE du Québec et de ce qui doit rester dans la société. Nous le revoyons chaque année avec vous, avant la fin de l'exercice.

TPS et TVQ : la plupart de vos services sont exonérés

Les services de santé rendus par un médecin à des fins de santé sont exonérés de TPS et de TVQ. Conséquence souvent oubliée : comme vous ne percevez pas de taxes, vous ne pouvez généralement pas récupérer celles que vous payez sur vos dépenses (pas de crédits ni de remboursements de taxe sur les intrants). Elles font partie de vos coûts.

Certains services sont toutefois taxables, notamment les examens, rapports et certificats faits uniquement à des fins non médicales, par exemple pour un assureur, un employeur ou un litige, selon l'ARC, ainsi que les services esthétiques qui ne sont pas médicalement nécessaires. Tant que vos ventes taxables ne dépassent pas 30 000 $ sur quatre trimestres consécutifs (ou dans un seul trimestre), vous êtes un petit fournisseur et l'inscription n'est pas obligatoire (ARC). Au-delà, il faut s'inscrire et percevoir les taxes. Nous suivons ce seuil pour vous.

Les dépenses que vous pouvez déduire

Une dépense est déductible si elle est engagée pour gagner un revenu de pratique et si elle est raisonnable. Celles que nous voyons le plus souvent chez les médecins :

• les frais de cabinet ou de partage de frais payés à la clinique, et le loyer d'un bureau;
• la cotisation au Collège et à votre fédération ou association;
• l'assurance responsabilité professionnelle (ACPM ou assureur privé), en tenant compte de tout remboursement reçu à ce titre [traitement à confirmer selon votre situation];
• la formation continue et les congrès (la loi limite la déduction à deux congrès par année);
• le matériel médical, l'ordinateur et les logiciels, amortis selon les catégories de déduction pour amortissement;
• le téléphone et Internet, pour la part professionnelle;
• les frais de véhicule pour vos déplacements entre lieux de pratique, appuyés par un registre de kilométrage;
• un bureau à domicile, s'il respecte les conditions de l'ARC et de Revenu Québec;
• les frais de facturation, les frais bancaires professionnels et les honoraires de comptabilité;
• les repas et frais de représentation, généralement déductibles à 50 %.

Les dépenses personnelles ne sont pas déductibles, même payées par la société. Conservez vos pièces justificatives au moins six ans : notre portail sécurisé les garde pour vous.

Résidents et nouveaux médecins

Pendant la résidence, vous êtes salarié : l'établissement fait les retenues à la source, et ce salaire ne peut généralement pas être versé à une société. C'est le bon moment pour réclamer les crédits pour intérêts sur prêts étudiants admissibles, garder vos droits REER pour les années où votre taux d'imposition sera plus élevé, et préparer la suite.

La première année de pratique autonome est celle des surprises : aucun impôt n'est retenu sur vos honoraires, et le solde complet arrive au printemps suivant. Au Québec, les acomptes provisionnels deviennent obligatoires lorsque votre impôt net à payer dépasse 1 800 $ pour l'année et pour l'une des deux années précédentes (ARC). Si l'incorporation est indiquée, commencez les démarches quelques mois avant la fin de la résidence, pour tenir compte des délais du Collège et de la RAMQ. Notre guide pour les résidents en médecine détaille chaque étape.

Le calendrier fiscal d'un médecin

• 15 mars, 15 juin, 15 septembre et 15 décembre : acomptes provisionnels personnels, si vous y êtes tenu.
• Fin février : feuillets T4 et RL-1 (salaires) et T5 et RL-3 (dividendes) de l'année précédente.
• 30 avril : paiement du solde d'impôt personnel; 15 juin : date de production de la T1 et de la TP-1 pour les travailleurs autonomes et leur conjoint.
• 2 ou 3 mois après la fin d'exercice de la société : paiement du solde d'impôt de la société (3 mois pour une société privée sous contrôle canadien admissible, selon l'ARC).
• 6 mois après la fin d'exercice : production de la T2 et de la CO-17 (ARC).
• Chaque année : mise à jour au Registraire des entreprises et déclaration annuelle au Collège.

La tenue de livres au quotidien

Une bonne comptabilité de médecin tient en quelques habitudes : un compte bancaire et une carte de crédit réservés à la pratique (obligatoires pour une société), les états de compte RAMQ et les factures déposés dans le portail chaque mois, et un rapprochement mensuel ou trimestriel. Vous voyez ainsi votre revenu réel, l'impôt à prévoir et ce qui peut rester dans la société, sans attendre la fin de l'année. Tout se fait à distance, en vidéo ou au téléphone, en français ou en anglais.

Combien coûte un comptable pour médecin?

Le prix dépend surtout de quatre choses : avez-vous une société (et une société de portefeuille)? Combien d'opérations par mois? Avez-vous du personnel à payer? Vos livres sont-ils déjà à jour? Un médecin non incorporé avec peu de dépenses n'a pas les mêmes besoins qu'un médecin incorporé qui paie une adjointe.

Chez JeanKali Santé Comptabilité, les médecins incorporés retiennent notre forfait annuel Professionnel incorporé : tenue de livres, états financiers, T2 et CO-17, vos T1 et TP-1, feuillets et plan de rémunération. Le tarif vous est donné par écrit après l'appel gratuit, avant tout engagement, avec ce qu'il comprend et ce qu'il ne comprend pas. Le CFO à temps partiel pour cliniques est un service distinct, publié à environ 1 500 $, 3 000 $ ou à partir de 5 000 $ par mois selon le niveau, taxes en sus (détails).

Incorporation sans frais, frais de démarrage inclus, et plan d'affaires pour la banque si vous ouvrez votre cabinet ou votre clinique, en contrepartie d'un engagement de 12 mois au forfait annuel. Conditions complètes

Comment choisir son comptable quand on est médecin

• Il connaît la RAMQ, les ententes de rémunération et les règles du Collège sur l'exercice en société.
• Il prépare vos déclarations personnelles et celles de la société ensemble, pour une seule vue d'ensemble.
• Il vous dit franchement quand l'incorporation ne vaut pas la peine.
• Son tarif est écrit, avec ce qui est inclus.
• Il protège vos renseignements : portail sécurisé, aucun NAS ni renseignement bancaire par courriel, politique conforme à la Loi 25.
• Il répond dans votre langue, et vous pouvez changer de comptable à tout moment de l'année.

Questions fréquentes

Information générale seulement, et non un avis. Ce contenu ne constitue pas un avis fiscal, juridique ou comptable; votre situation doit être analysée individuellement. Incorporation sans frais, frais de démarrage inclus, et plan d'affaires pour la banque si vous ouvrez votre cabinet ou votre clinique, en contrepartie d'un engagement de 12 mois au forfait annuel. Conditions complètes